Windows8にrstanをインストールする。

R BUGS

こんにちわ。BUGSにはまってしまって大変なアナリストです。

どうにもこうにもWINBUGSが遅くていや遅すぎて使えないので、今日はRからstanを叩くrstanをインストールしてみたいと思います。

環境はWindows8 64bitです。

1.Rtoolsをインストール
以下のサイトからRtoolsをインストールしてc++のコンパイルができるようにしておきます。
http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/


適当に次へ次へをクリックしておけば問題ないです。
今回はRtools31.exeをインストールします。


途中環境変数の設定があったりしますが、そのままで問題ないです。

【追記】この時、Windowsでは、PATHは先頭にあるものを優先して実行するのですでにコンパイラーなどをインストールしている場合はPATHの先頭にRtoolsの実行ファイルが含まれているフォルダが存在するのを確認してください。


2.rstanのインストール

次のコードを実行します。

#必要なパッケージのインストール
install.packages('inline')
install.packages('Rcpp')

#hello worldと表示されたら、インストールに問題ない。
library(inline) 
library(Rcpp)
src <- ' 
  std::vector<std::string> s; 
  s.push_back("hello");
  s.push_back("world");
  return Rcpp::wrap(s);
'
hellofun <- cxxfunction(body = src, includes = '', plugin = 'Rcpp', verbose = FALSE)
cat(hellofun(), '\n') 

#rstan自体のインストール
Sys.setenv(R_MAKEVARS_USER='')
options(repos = c(getOption("repos"), rstan = "http://wiki.stan.googlecode.com/git/R"))
install.packages('rstan', type = 'source')

library(rstan)